同源建模

本课程旨在通过使用Swiss-Model在线工具对小鼠E-selectin蛋白进行同源建模，进而了解同源建模的基本概念和应用、了解Swiss-Model的功能和操作步骤。

1 获取模板蛋白序列

	1. A. 在Uniport中搜索Mouse E-selectin即可获得相应信息，本课程直接提供了Q00690 · LYAM2_MOUSE的Uniport网页链接： Here.
	B、在该网页中直接点击“Download”
	选择FASTA格式进行下载，选择好后直接点击Download进行下载”
	下载好的FASTA文件如图所示：

这里直接给出了我们所需要的片段，大家可以在下一节时直接将其粘贴至对应窗口:

WYYNASSELMTYDEASAYCQRDYTHLVAIQNKEEINYLNSNLKHSPSYYWIGIRKVNNVWIWVGTGKPLTEEAQNWAPGEPNNKQRNEDCVEIYIQRTKDSGMWNDERCNKKKLALCYTASCTNASCSGHGECIETINSYTCKCHPGFLGPNCEQAVTCKPQEHPDYGSLNCSHPFGPFSYNSSCSFGCKRGYLPSSMETTVRCTSSGEWSAPAPACHVVECEALTHPAHGIRKCSSNPGSYPWNTTCTFDCVEGYRRVGAQNLQCTSSGIWDNETPSCKA

2 使用Swiss-Model进行同源建模

A. 搜索模板

	点击以下链接进入Swiss-Model Here
	将上一步下载的目标蛋白Q00690 · LYAM2_MOUSE在教程中给出的的序列粘贴至“Target Sequence(s)”框中，这一部分是与human E-selectin crystal structure 对应的区间，所以仅取这一部分来进行模板的搜索
	“Project Title”中填写项目名（任意，实例中为蛋白名称）、“Email”中填写自己常用的邮箱账号，点击“Search For Templates”按钮进行模板的搜索。
	运行一段时间后，页面将给出模板结果列表，在其中选择⼀个蛋⽩做为模板，这⾥以4CSY为例，点击展开箭头将该条目展开。
	展开后，可以查看该模板蛋白与目标蛋白的序列比对信息，错配残基均已加黑标出。界面右侧有其结构展示页面，可拖动观察结构细节。
	还可以通过齿轮标识进行进一步的比对分析

B. 同源建模

	点击“Build Model”按钮进行同源建模。
	建模结束后，点击页面右上方蓝色按钮
	在跳转界面中展示了以4csy为模板进行同源建模结果的基本信息，点击“Stucture Assesment”按钮对该模型进行更进一步的评估
	可获得该结构的拉氏图、MolProbity Results、QMEANDisCo以及比对结果等
	回到Model Results界面，点击“DownLoad files”按钮，选择“PDB Format”进行下载，并保存文件名为model.pdb.

3. 截取模型的Lectin结构域

按照 VI编辑器->实例练习中的方法截取模型的Lectin结构域与其钙离子。同样的，模型的前120个残基（residue ID 1-120）的构成了其lectin domain。将model.pdb中的前120个残基（residue ID1-120）与钙离子粘贴至homo_model.pdb中，更改residue ID以及atom ID，同样的方法将钙离子更改保存为Mg+，并在蛋白与离子之间加上TER。

注：截取的residueid并不一定为1-120，例如，如果模型的residue number 从 22 开始，则截取的部分 residue number 为 22 -141；有时模型缺失头尾残基，建议导入VMD观察后决定截取范围

另外，使用以下命令将homo_model.pdb中的residue name “CYS”更改为“CYX”