分子对接

在上一章节中，我们使用4csy的human E-selectin 为模板，通过Swiss-Model构建出了mouse E-selectin。
在本章节中，我们将使用AutoDockTools研究mouse E-selectin与其配体sLex的结合过程，获得其复合物结构。

1 分子坐标叠合

首先，将 mouse E-selectin 与 human E-selectin - sLex 复合物中的蛋⽩进⾏叠合，可以获得 sLex 在mouse E-selectin 中的结合构象。

A.导入两个分子

参考本课教程《VMD》部分，将crystal_human_E-selectin_sLex.pdb与homo_model.pdb导入至VMD。先点击VMDMain页面中File->New Molecular，导入crystal_human_E-selectin_sLex.pdb；导入成功后再次点击File->New Molecular,导入homo_model.pdb
导入成功之后VMD Main窗口显示如下：

B. 进行分子叠合

	点击 Extensions->Analysis->RMSD Calculator
	点击选择参考模型为top(crystal_human_E-selectin_sLex.pdb)，并选择你human E-selectin 对应的模型（crystal_human_E-selectin_sLex.pdb）,残基选择设为residue 1 to 119 and name CA

接下来，点击“RMSD”按钮，查看此时RMSD值
下面，点击“ALIGN”按钮，进行叠合，此时继续查看RMSD值。在该步骤中，若RMSD值变化很小也属正常情况

C. 在OpenGL Display中查看叠合效果

在VMD Main->Graphics->Representations将crystal_human_E-seletin.pdb的参数设置为：
Coloring method -> “colorID”、Material -> AOChalky、Drawing Method->“NewCartoon”
同样的，将homo_model.pdb的参数设置为：
method -> “colorID”、Material -> AOChalky、Drawing Method->“NewCartoon”
两个模型设置为不同的颜色

D.导出叠合过后的mouse E-selectin的新pdb文件

	最后在OpenGL Display中查看叠合效果，可以看到，经过superimpose后，两个分子几乎已经在该坐标空间内叠合。
	在VMD Main中选择homo_model.pdb文件并鼠标右击，在弹出的窗口中选择Save Coordinates
	在弹出的窗口中，“Save data from”选择model_lectin.pdb文件、“Selected atoms”选择all、“File type”选择pdb，设置好之后按“Save”按钮，之后选择要保存的文件路径进行保存，示例中该文件名设置为superim_mouse_E-selectin.pdb。

E.合并鼠E-selectin与配体sLex获得其复合物

直接使用以下命令将superim_mouse_E-selectin.pdb的第一行至倒数第二行、crystal_human_E-selectin_sLex.pdb的配体内容重定向至新文件superim_mouse_E-selectin_sLex.pdb中，并在离子与配体之间加上“TER”。

2.下载AutoDockTools

A. 下载安装

这里直接提供了安装在不同平台上的mgltools安装包，请同学选择进行下载安装
Windows：windows
Mac：MAC
Linux：Linux
更多版本，请点击以下链接进行查看：mgltools
安装按照指引即可。

B. 准备蛋白

	在AutodockToos窗口中点击File -> Read Molecular，选择上一步准备好的superim_mouse_E-selectin.pdb文件进行导入
	导入完成后可视化界面显示如下
	接着点击Edit->Hydrogens->add进行加氢
	在弹出的窗口中点击“OK”
	加氢完成后可视化界面显示如下
	接下来，点击Grid->Macromolecule->choose……
	在弹出的窗口中选择蛋白模型，后点击“Select Molecule”
	若弹出Warning警告框，点击确定即可
	在弹窗中选择路径保,存为model.pdbqt文件
	接下来，用vim打开model.pdbqt,找到其文件末尾的Mg+，将其电荷（倒数第二列所对应的数值）改为2.000

C.准备配体

	点击Ligand->Input->Open,在弹窗中选择sLex.pdb
	在弹窗中将文件类型改为.pdb，选择sLex.pdb*
	弹窗点击确定
	点击Ligand->Torsion Tree->Detect Root……进行软件自动判定配体root
	这时，出现的绿色小球即为分子Root
	接下来，点击Ligand -> Torsion tree -> choose torsions查看配体分子的二面角
	在弹窗中点击“DONE”
	下面点击Ligand -> Torsion tree -> Set number of torsions 设置活性二面角数
	在弹窗中点击“Dismiss”
	弹窗点击确定最后，点击Ligand -> Output -> Save as PDBQT进行配体pdbqt格式文件的保存，文件名设置为ligand.pdbqt。

D.寻找分子对接中心

E.进行分子对接

将上面两个文件移入autodock文件夹中
使用vi编辑器新建文件conf.txt，复制并粘贴以下内容到文件中，完成后保存.

现在，开始使用AutoDock Vina进行对接。out.pdbqt对应你保存的.pdbqt文件。新建文件run.com，复制并粘贴以下内容到文件中，完成后保存。

F. 对接结果的可视化

用vi编辑器打开文件，使用如下的命令得到可以被VMD识别的文件out.pdb.
并保证残基顺序为0SA，3LB，WYB，OME，0fA（与human E-selectin用相同的input），并在每个残疾之间加上TER。

VMD Main->Graphics->Representation，选择配体并通过改变Coloring Method和Drawing Method使其与蛋白区分开.

G.合并蛋白与doking所得的配体，获得复合物pdb文件

直接使用以下命令将superim_mouse_E-selectin.pdb的第一行至倒数第二行、docking_mouse_sLex.pdb的全部内容重定向至新文件docking_mouse_E-selectin_sLex.pdb并在离子与配体之间加上“TER”。

接下来，去掉最后两列的元素与电荷(pdb文件中x、y、z坐标之后的列全部删去。推荐使用VISUAL BLOCK模式选中后直接按“d”键删除)

	处理好的文件部分展示如下：更改后的文件部分展示（图中展示了一些需要注意的点）：注意！如果受体蛋白的residue id 不是1-120，则离子与配体也应该做出相应改变，即按照蛋白->离子->配体的顺序直接顺序即可
	将docking_mouse_E-selectin_sLex.pdb导入VMD进行可视化展示：

	将sLex.pdb导入excel中
	点击数据->分列
	选择固定宽度，在弹窗中连续点击下一步，最后点击完成。
	其中F、G、H列即为x,y,z坐标
	使用函数计算x,y,z的平均坐标，该做标即为分子对接的中心

	运行之后，当前文件夹下会出现docking_mouse_sLex.pdb文件，使用vim打开该文件.
	打开VMD， VMD Main->File->New Molecule首先加载刚刚保存的蛋白pdb文件（superim_mouse_E-selectin.pdb）。然后将保存的配体结果文件（docking_mouse_sLex.pdb）作为New Molecule载入。可以看到该配体与蛋白结合的复合物。